il épouse Samantha Lewes en janvier 1978.Il a deux enfants de sa première femme, Colin Hanks (1977-) et Elizabeth Hanks (1982-) .Sa première femme, Samantha Lewes, décéda d'un cancer en 2002.

Sa vie personnelle reprend des couleurs après son divorce en 1987 : il rencontre Rita Wilson, qu'il épouse en 1988. Un enfant prénommé Chester naît de son union avec Rita Wilson en 1990, suivi plus tard par Truman (1995).