En 1986, Tom fait la connaissance de lactrice Mimi Rogers, de 7 ans son aînée. Après plusieurs mois de relation, il demande sa main . Il lépouse en secret le 9 mai 1987.
Le 24 décembre 1990,il se marie avec l'actrice Nicole Kidman.Ils adopterons 2 enfant ensemble,Isabella en 1993 et Connor en 1995.Tom a officiellement demandé le divorce avec Nicole Kidman en février 2001. La rupture de l'un des couples les plus glamours d'Hollywood n'a pas laissé indifférente l'Eglise de Scientologie, dont Tom Cruise est le plus célèbre représentant. C'est ainsi qu'elle a invité les deux vedettes à se réconcilier, leur conseillant même de mettre par écrit leurs problèmes et ressentiments afin qu'ils parviennent à résoudre leurs différents. Mais la belle histoire d'amour de ce couple qui a duré pendant plus de dix ans s'est arrêtée là.
Le samedi 18 novembre 2006, il épouse Katie au château d'Odescalchi à Bracciano, à 30 km au nord de Rome (Italie) selon le rite de L'Église de Scientologie. Il s'agit du troisième mariage pour Cruise et du premier pour Holmes, qui forment l'un des couples les plus en vue et les plus controversés d'Hollywood.En avril 2006, Katie Holmes donne naissance à une petite fille prénommée Suri.