Le 12 septembre 1991, il épouse l'actrice américaine Kelly Preston, avec qui il a trois enfants : Jett Travolta (né le 13 avril 1992, mort le 3 janvier 2009 d'une crise cardiaque), Ella Bleue Travolta (née le 3 avril 2000) et Benjamin Travolta (né le 23 novembre 2010).