Il a épousé sa petite amie de lycée, Sophia Martinez, le 15 mai 2004. Ils étaient ensemble depuis 1997.

Le 9 juillet 2008, quatre semaines avant les auditions pour American Idol, la femme de Danny subit une chirurgie de routine pour une cardiopathie congénitale. C'était sa troisième opération, mais elle décède suite à des complications. Sophia était une fan d'American Idol et encouragea Gokey à y participer. Gokey lui dédia son parcours dans l'émission.

En 2011, Gokey a commencé à fréquenter Leyicet Peralta. Ils ont annoncé leur engagement le 25 décembre 2011 et se sont mariés le 29 janvier 2012.Le 15 juillet 2012, il a annoncé que lui et sa femme attendaient un bébé pour le  début 2013.Leur fils Daniel Emmanuel est né le 20 Janvier 2013.